Embase.com : premiers pas

lundi 24 mai 2004
popularité : 18%

par Philippe Eveillard (la Revue du Praticien Mdecine Gnrale du 24 mai 2004 n654/655)

Depuis quelques mois (et pour un temps seulement ?), l’interface de recherche EMBASE.com est en libre accs. Sa sollicitation permet l’interrogation simultane des banques de donnes bibliographiques MEDLINE et EMBASE l’aide d’un thesaurus original : EMTREE.

Il s’agit bien d’un nouvel espace dcouvrir car, si le thesaurus d’EMBASE (EMTREE) se dmarque de celui de MEDLINE (MeSH), la syntaxe de l’interface EMBASE.com est, elle aussi, originale et sans grand rapport avec celle de l’interface PubMed .

EMBASE + MEDLINE
propos de MEDLINE, il n’y a plus rien dire tant les lecteurs de La Revue sont habitus entendre parler de son interface PubMed tous les coins de page. Sur EMBASE, il en va tout autrement puisque c’est la 1re fois qu’il est question de cette banque de donnes dans cette rubrique.

EMBASE est la banque de donnes en ligne de Excerpta Medica (comme MEDLINE est celle de l’Index Medicus). Elle est produite par Elsevier, le plus grand diteur de revues scientifiques au monde. Elle indexe les articles de plus de 4 000 revues traitant essentiellement de sujets biomdicaux. Depuis 1974, prs de 10 millions de notices (dont 80 % avec un rsum) ont t cres.

L’interface EMBASE.com interroge simultanment cette banque de donnes et MEDLINE (avec ses 14 millions de notices) en liminant les doublons puisque de nombreuses revues sont communes aux deux banques de donnes.

Langage et syntaxe
La principale originalit de EMBASE.com est son langage : le thesaurus EMTREE.
Quant la syntaxe de l’interface, elle est d’autant plus facile apprhender qu’un grand nombre de portes d’entre sont proposes l’utilisateur.

Le thesaurus
Vocabulaire contrl (thesaurus) de 45 000 termes et 190 000 synonymes, EMTREE bnficie d’un abord plus simple que celui des Medical Subject Headings (MeSH) de MEDLINE.

Dans la page d’accueil, le module EMTREE Keywords comporte 2 liens : Find Terms et Browse EMTREE. Le premier est un outil de mapping qui, toute entre d’un mot cl (en anglais) dans sa fentre d’interrogation, propose une liste de mots avec leur quivalent EMTREE.

Exemple : l’entre de asthma affiche une liste de 27 synonymes (avec leur quivalent EMTREE) et de 7 descripteurs EMTREE.

Le second lien conduit jusqu’ l’arborescence de EMTREE (avec ses 15 branches matresses) qu’il suffit d’explorer pour rencontrer le descripteur adquat.

Exemple avec l’exploration de la branche Physical diseases, disorders and abnormalities la recherche du descripteur correspondant l’asthme d’effort.

Physical diseases, disorders and abnormalities
. physical disease by anatomical structure
.. respiratory tract disease
... obstructive airway disease..
.... asthma
..... exercise induced asthma.

EMBASE.com Versus PubMed

La porte d’entre quick search
Le module de base se compose d’une simple fentre, de quelques limites (de dates essentiellement) et d’une possibilit d’extension vers d’autres limites (type de publication, langue, spcialit, groupe d’ge).

Exemple : recherche des mises au point (avec rsum) sur l’asthme de l’enfant publies en langue franaise depuis 1999.

Dans la fentre d’interrogation, entrer le mot cl asthma.
Slectionner les dates de publication (1999 -2004) partir des menus droulants des dates et cocher la case Abstract.

Slectionner Review dans le menu droulant Publication Types, French dans le menu droulant Articles Languages et Child dans le menu droulant Age Groups.

Rsultat : 49 notices (interrogation le 4 mai 2004).

La porte d’entre advanced search
Le module de recherche avance bnficie des mmes atouts que le module de base (cases cocher et menus droulants limitant la requte) auxquels s’ajoutent 3 options :
- l’option mapping, faisant passer chaque mot cl dans le moule de EMTREE pour une ventuelle transformation en termes du thesaurus ;
- l’option explosion des descripteurs, tendant la requte aux descripteurs-fils de niveau hirarchique infrieur ;
- l’option descripteur majeur, ne slectionnant que les notices dans lesquelles le descripteur est index en tant que descripteur majeur.

Exemple : recherche des articles publis en langue franaise au cours des 10 dernires annes sur la thyrodite de De Quervain (descripteur majeur).

Dans la fentre d’interrogation, entrer ’De Quervain thyroiditis’ (entre apostrophes car c’est un mot compos).

Cocher les cases mapping (Map to preferred terminology) et descripteur majeur (Search terms must be of major focus in articles found).

Slectionner les dates de publication (1994-2004), la langue (french), et le type de publication (articles).

Rsultat : 2 notices (interrogation le 5 mai 2004).
Un clic de souris sur Show Search Details rvle que ’de quervain thyroiditis’ a t mapp en subacute thyroiditis.

La porte d’entre field search
Le module des champs facilite la dcouverte des diffrents champs de l’interface EMBASE.com , mais ne permet pas de formuler une quation de recherche. Pour cela il faudrait que tous les mots cls de la requte appartiennent au mme champ, ce qui n’est rencontr qu’exceptionnellement.

La porte d’entre drug search
Le module de recherche des mdicaments propose, en dehors des cases cocher et des limites habituelles, deux menus droulants :
- l’un avec les diffrents qualificatifs qui peuvent tre affilis une requte sur les mdicaments ;
- l’autre avec les diffrentes voies d’administration des mdicaments.

Exemple : recherche des essais cliniques randomiss publis depuis 1999 sur les effets secondaires lis l’utilisation de la btamthasone par voie inhale.

Dans la fentre d’interrogation du module, entrer betamethasone.
Slectionner le crneau de dates 1999-2004 , le qualificatif Adverse drug reaction et la voie d’administration inhalational drug administration.Slectionner le type de publication Randomized controlled trial.

Rsultat : 19 notices (interrogation le 5 mai 2004).

La porte d’entre disease search
En dehors des fonctions et options habituelles, le module de recherche des maladies n’offre qu’un seul menu droulant : celui des qualificatifs.

La porte d’entre article search
Le module de recherche des articles est simplifi l’extrme : titre, auteur, volume, numro, premire page, anne de publication. C’est l’quivalent de la fonction Simple Citation Matcher de PubMed. C’est surtout un moyen trs prcieux d’afficher rapidement ( partir de 2 ou 3 donnes d’une rfrence) le rsum d’une notice.

Exemple : recherche de la notice complte d’un article publi en 2001 dans la revue Circulation dont le numro de la premire page est 3020.

Dans la fentre Journal title, entrer : Circulation.
Les menus droulants des dates sont bloqus sur 2001 et l’information sur la 1re page est fournie dans la fentre first page (3020).
Un clic de souris sur search affiche la rfrence. Un clic de souris sur full record affiche la notice complte.

Intrt
Par rapport PubMed (MEDLINE + OLDMEDLINE), l’intrt de Embase.com (MEDLINE + EMBASE) est difficile apprcier.

L’observation attentive des pages d’accueil des 2 interfaces rvle que PubMed hberge 14 millions de notices quand EMBASE.com en hberge 15. Ce million de notices de diffrence entre les 2 interfaces ne se retrouve pas dans les rsultats des requtes (v. tableau). Les diffrences de langage, de syntaxe et de contenu y sont certainement pour beaucoup


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