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lundi 19 avril 2004
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Vu lans la revue du prat

Petits et grands changements dans PubMed

par Philippe Eveillard (la Revue du Praticien Mdecine Gnrale du 12 mai 2003 n613/614)

Depuis le 25 avril 2003, MeSH database remplace MeSH browser et tout est chamboul au royaume de PubMed. Quant aux petites modifications, elles n’ont pas manqu depuis le dbut de l’anne 2003. C’est l’occasion de faire le point sur ces changements qui font de PubMed l’interface d’interrogation de MEDLINE la plus volutive.

La page qui s’affiche aprs avoir cliqu sur MeSH database (cadre de gauche dans la page d’accueil de PubMed) renferme deux lments essentiels :

- la mention utilisez MeSH database pour trouver les termes MeSH et laborer une stratgie de recherche qui rsume bien les services que l’utilisateur peut attendre de MeSH database ;

- la fentre d’interrogation, sans laquelle il n’est pas de requte possible dans MeSH database.

Trouver les termes MeSH
Certains utilisateurs de MEDLINE/PubMed prfraient interroger MeSH browser pour trouver le bon descripteur plutt que solliciter le MeSH bilingue ou recourir la mthode du bordereau d’indexation.
Ils devraient devenir des inconditionnels de MeSH database qui est une version amliore de MeSH browser.

L’entre d’un mot cl (anglais) dans la fentre d’interrogation de MeSH database affiche une liste de suggestions compose de termes MeSH (descripteurs, qualificatifs, types de publication) et de synonymes (Entry Terms). Ces suggestions sont obtenues grce un algorithme dont le principe est expos l’adresse :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/trigram_explanation.html

Si le mot cl est un terme MeSH, ce dernier figure en tte des suggestions et en tte de la liste des termes MeSH affiche sous les suggestions.

Exemple :
L’entre de asthma affiche asthma en tte des suggestions et asthma ; asthma, exercise-induced ; dyspnea, paroxysmal dans la liste affiche sous les suggestions.

L’entre de Crohn disease affiche Crohn disease en tte des suggestions et Crohn disease (seul) dans la liste.

Si le mot cl est un synonyme de descripteur (Entry Term), il figure en tte des suggestions et se transforme en descripteur dans la liste.
Exemple :
L’entre de rectocolitis affiche rectocolitis en tte des suggestions et proctocolitis ; colitis, ulcerative dans la liste.
L’entre de coxarthrosis affiche coxarthrosis en tte des suggestions et osteoarthritis, hip (seul) dans la liste.

Si le mot cl n’est ni un terme MeSH ni un synonyme, l’algorithme choisit le terme MeSH le plus proche du mot cl et le place en tte des suggestions.
Exemple :
L’entre de overuse affiche overuse injury en tte des suggestions. Dans la liste des termes MeSH, on retrouve :
- cumulative trauma disorders (descripteur dont le synonyme est overuse injury) ;
- headache disorders (dont un des synonymes est analgesic overuse headache) ;
- substance abuse, intravenous (le mot overuse figure dans le scope note de ce descripteur) ;
- utilization (le mot overuse figure dans le scope note de ce qualificatif).

laborer une stratgie de recherche
Sous rserve que la requte ne comporte que des termes MeSH (descripteurs, qualificatifs, types de publication), MeSH database permet de formuler une quation de recherche de faon semi-automatique.

Pour cela, il convient (dans un premier temps) de changer le format de prsentation des rsultats. Par dfaut, le format affich est summary. la place, il faut slectionner le format full (dans le menu droulant) et cliquer sur display.

Le format full fournit 7 informations en rapport avec un descripteur :
- sa dfinition (scope note) et, ventuellement, son anne d’entre dans le thesaurus ;
- la liste de ses qualificatifs accompagne de 2 cases cocher, l’une relative l’explosion, l’autre aux MeSH Major Topics ;
- la liste de ses synonymes et de ses mots permuts (Entry terms) ;
- les termes utiliss prcdemment pour caractriser le concept (quand ces termes existent) ;
- les termes en relation (see also) ;
- l’arborescence dans laquelle figure le descripteur (ou les arborescences quand le descripteur apparat dans plusieurs).

Le protocole de formulation d’une quation de recherche dans MeSH database est le suivant :
- entre d’un mot cl dans la fentre d’interrogation ;
- choix du terme MeSH dans la liste affiche (clic de souris sur l’intitul ou cocher la case, slectionner full dans le menu droulant et cliquer sur display) ;
- affichage du format full ; choix d’un qualificatif si le terme MeSH est un descripteur (cocher la case) ;
- clic de souris sur send to search box with... (le qualificatif adquat : AND, OR ou NOT)  ;
- le premier terme de l’quation apparat dans la fentre prvue cet effet ;
- entre d’un nouveau mot cl dans la fentre d’interrogation ;
- choix du terme MeSH dans la liste ; affichage du format full ; choix ventuel d’un qualificatif ;
- clic de souris sur send to search box with... et apparition du 2e terme de l’quation dans la fentre ;
- et ainsi de suite jusqu’ ce que tous les lments de l’quation figurent dans la fentre ; il ne reste plus alors qu’ cliquer sur Search PubMed.

Exemple
Recherche des revues de synthse (review) sur le traitement chirurgical des coxarthroses (coxarthrose en tant que MeSH Major Topic).
- Entre de coxarthrosis dans la fentre d’interrogation et clic de souris sur Go.
. Un seul terme MeSH figure dans la liste : osteoarthritis, hip.
. Clic de souris sur l’intitul : le format full s’affiche.
. Slection de surgery (case cocher) dans la liste des qualificatifs et de Restrict search to major topic headings only (case cocher).
. Clic de souris sur Send to search box with AND .
. Dans la fentre apparat : Osteoarthritis, Hip/surgery [MAJR].
- Entre de review dans la fentre d’interrogation et clic de souris sur Go.
. Slection de review [publication Type] (case cocher) ; il est inutile d’afficher le format full puisqu’il n’y a pas de qualificatif slectionner.
. Clic de souris sur Send to search box with AND
. Dans la fentre apparat : osteoarthritis, hip/surgery [MAJR] AND Review [Publication Type].
. Clic de souris sur Search PubMed : 28 notices (le 3 mai 2003).

Cette avance de l’interface PubMed ne facilite pas la tche de l’utilisateur, oblig de faire avec , c’est--dire d’apprendre se servir d’une fonction pratiquement nouvelle. C’est la ranon payer pour bnficier d’un outil d’autant plus performant qu’il est volutif.


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